Nasza planeta, Ziemia i równoległy wszechświat zwany Lyoko stoją w obliczu nieuchronnego zniszczenia. Gimnazjum Kadic ma pięciu specjalnych uczniów. W pobliżu szkoły znajduje się opuszczona fabryka, która jest wejściem do wirtualnego świata, w którym rządzi największy wróg Xana.