Unser Planet, die Erde, und ein Paralleluniversum namens Lyoko stehen kurz vor der Zerstörung. Die Kadic Junior High School hat fünf Sonderschüler. In der Nähe der Schule befindet sich eine verlassene Fabrik, die den Eingang zu einer virtuellen Welt darstellt, in der der größte Feind, Xana, herrscht.